Патриарх Московский и всея Руси осуществляет высшее религиозное и административное управление Центром.
Органами управления Центра являются: Совет Центра и руководитель Центра.

СОВЕТ ЦЕНТРА

Совет Центра (далее "Совет") - постоянно действующий орган управления Центра, определяющий основные направления деятельности Центра, рассматривающий проекты изменений и дополнений к Уставу Центра, а так же рассматривающий и утверждающий планы перспективного (финансового, экономического, социального) развития Центра.
В состав Совета входят: наместник Данилова монастыря, руководитель Центра, первый заместитель руководителя Центра, руководитель Аппарата Центра, руководители отделений Центра.
Председателем Совета является наместник Данилова монастыря.
Заседания Совета проходят регулярно раз в месяц, по согласованию с членами Совета.

РУКОВОДИТЕЛЬ ЦЕНТРА

Руководитель Центра осуществляет непосредственное управление деятельностью Центра и назначается Патриархом Московским и всея Руси по представлению наместника Данилова монастыря.

СТРУКТУРНЫЕ ПОДРАЗДЕЛЕНИЯ ЦЕНТРА

Структурными подразделениями по направлениям деятельности Центра являются:

1) Комплекс духовно-нравственного и социально-культурного просвещения Центра, включающий Отделение духовно-нравственного просвещения, Отделение детско-юношеских программ, Отделение социально-психологической помощи и поддержки молодежи

2) Административный комплекс - Аппарат Центра, включающий канцелярию Центра и различные службы. Аппарат Центра обеспечивает деятельность Центра и организует контроль за выполнением отделениями, отделами и другими структурами и учреждениями Центра решений принятых руководством Центра.